Po reformacji w XVI wieku i przejęciu wszystkich świątyń przez wyznawców nowej wiary, berlińscy katolicy nie mieli miejsca, gdzie mogliby swobodnie uczestniczyć w praktykach religijnych. Sytuacji tej nie zmieniło nawet ustanowienie poselstw katolickich krajów, Francji i Austrii w połowie XVII wieku, gdyż organizowane przez nich msze dostępne były jedynie dla członków służby dyplomatycznej.
W 1722 roku, król pruski Fryderyk Wilhelm I wydał co prawda zezwolenie na utworzenie katolickiej kaplicy, ale miejsce do tego przeznaczone nie odpowiadało narastającym potrzebom. Do katolickich żołnierzy, zwerbowanych przez „króla żołnierza”, dołączyli wkrótce sprowadzeni przez jego syna osadnicy ze Śląska. Ich liczba, po wygranych wojnach śląskich, znacznie wzrosła, co skłoniło Fryderyka II (1712-1786) do wydania pozwolenia na budowę świątyni.
Fryderyk II już wcześniej nosił się z zamiarem wzniesienie kościoła, który służyłby wszystkim wyznaniom. Za wzór miał posłużyć rzymski Panteon. I tak, w niszach nowej budowli miały powstać kaplice dla różnych wyznań. Ten śmiały pomysł zdołano królowi wyperswadować, ale wizja rzymskiej świątyni pozostała.
Uroczystość położenia kamienia węgielnego w 1747 roku miała zwrócić uwagę innych władców na postępowość i tolerancyjność pruskiego króla. Zaplanowana na trzy lata budowa znacznie się przeciągnęła. Po hojnych datkach płynących z Rzymu i innych katolickich krajów, zainteresowanie ofiarodawców osłabło. Dodatkowe kłopoty sprawiał podmokły grunt dlatego przy budowie wykorzystano pozostałości po umocnieniach dawnego bastionu XVII-wiecznych fortyfikacji. To mogłoby wytłumaczyć położenie świątyni po skosie w stosunku do placu. Kiedy zarzuconą na kilkanaście lat budową zainteresowała się Gmina Żydowska, deklarując chęć zakupu i wzniesienia synagogi, wówczas katolicy, za przykładem papieża, zmobilizowali się na nowo, oferując środki na ukończenie świątyni.
Nowy kościół nieprzypadkowo poświęcono Świętej Jadwidze, patronce Śląska. Stamtąd pochodzili nowi osadnicy w Berlinie i okolicy. Uroczystej konsekracji 1 listopada 1773 roku dokonał bliski przyjaciel Fryderyka II, biskup warmiński, Ignacy Krasicki (1735-1801). „Książę polskich poetów” został po śmierci pochowany w podziemiach kościoła, ale już w 1829 roku sarkofag przeniesiono do Katedry Gnieźnieńskiej (od 1795 roku Ignacy Krasicki pełnił funkcję arcybiskupa tej diecezji).
W chwili uroczystego poświęcenia, kościół nie był tak naprawdę ukończony. Dach był jedynie prowizorką, brakowało reliefów na frontonie, a wewnątrz znajdowało się jedynie podstawowe wyposażenia. Dopiero w drugiej połowie XIX wieku berliński budowniczy Max Hasak dokonał niezbędnych zabezpieczeń kopuły, uzupełnił płaskorzeźby, a także, inspirując się pracami jednego z pierwotnych architektów, umieścił latarnię na kopule.
Kiedy w 1923 roku kościół św. Jadwigi został wyniesiony do rangi bazyliki mniejszej, konieczne okazało się odnowienie wnętrz, by dostosować świątynię do nowych funkcji. Zlikwidowano zatem zakrystię, umiejscowioną dotąd między małą a dużą rotundą, a przed łączącym je przejściem ustawiono ołtarz. Kolorowe, niedopasowane okna zastąpiono prostszymi, usunięto nadmiernie ozdobne żyrandole oraz podkreślono odrębność stref sacrum i profanum. Pojawiły się również nowe organy. Po przeprowadzeniu tych prac nowy kościół, już jako katedrę, oddano berlińczykom w 1932 roku.
Kontrowersyjna odbudowa po wojnie
Podczas drugiej wojny światowej budowla została znacznie uszkodzona. Na początku lat 50. ubiegłego wieku przystąpiono do odbudowy kopuły, a po jej zabezpieczeniu cała uwaga restauratorów skupiła się na wnętrzach. Przygotowanie projektu zlecono prof. dr. inż. Hansowi Schwippertowi, który zaproponował dość kontrowersyjne jak na owe czasy rozwiązanie.
Oba dotychczasowe poziomy kościoła, główny oraz położoną poniżej kryptę, postanowił połączyć wspólnym ołtarzem. W tym celu, w podłodze głównego kościoła wykonano otwór o średnicy 8 metrów oraz poprowadzono na dół szerokie schody do pogłębionej o kilkadziesiąt centymetrów krypty, od teraz kościoła dolnego. Wokół otworu ustawiono ozdobną balustradę z brązu i szklanych płytek autorstwa kowala artystycznego, Fritza Kühna.
Ten dość oryginalny przykład postmodernistycznej architektury już nie istnieje, gdyż przy zaplanowanej modernizacji zatwierdzono powrót do pierwotnego planu i dwóch oddzielnych poziomów. Przebudowa zyskała poparcie obecnego biskupa, który zwrócił uwagę na potrzebę rytualnego obejścia ołtarza, co do tej pory nie było możliwe. Niższy poziom zachowa charakter krypty, będzie to również miejsce pamięci oraz informacji o historii diecezji.
