Po przegranej Napoleona pierwotnie na kongresie wiedeńskim car Aleksander I proponował ustanowić Toruń Wolnym Miastem (podobnie jak Kraków), ostatecznie jednak 22 września 1815 roku na mocy postanowień kongresu wiedeńskiego Toruń powrócił do Prus (zaboru pruskiego) i znajdował się zaledwie ok. 10 km od ziem zaboru rosyjskiego, więc stał się miastem nadgranicznym (granicę stanowiła rzeka Drwęca przepływająca przez podtoruński Lubicz.
Okres pruski w XIX wieku to powolny rozkwit gospodarczy i nowe inwestycje, ograniczone jednak przez uczynienie z miasta twierdzy. Zbudowano wodociągi, kanalizację, linie tramwajowe, żelazny most przez Wisłę, nowy Dwór Artusa, teatr. Linie kolejowe połączyły Toruń z Warszawą, Bydgoszczą, Poznaniem, Olsztynem, Chełmżą i Grudziądzem. Toruń zyskał tramwaje elektryczne szybciej niż Warszawa. W ramach tworzenia twierdzy zbudowano 15 dużych fortów oraz ponad dwieście mniejszych obiektów militarnych. Toruń został wciśnięty w kilkunastokilometrowy pierścień umocnień i stał się najnowocześniejszą i największą twierdzą w Europie. Utworzone zostały konsulaty Rosji i USA. Funkcja militarna ograniczyła jednak częściowo szybki rozwój terytorialny i przemysłowy. Mimo to miasto wchłonęło przedmieścia – Mokre, Chełmińskie, Jakubskie.
Okres pruski to także coraz silniejsze zmagania o polskość miasta, które w drugiej połowie XIX w. stało się największym ośrodkiem polskości na Pomorzu. W 1867 roku wydano Gazetę Toruńską, pierwszą polskojęzyczną gazetę Pomorza. W 1875 roku utworzono silne i prężnie działające Towarzystwo Naukowe, skupiające intelektualne siły Pomorza, jedno z pierwszych w Polsce. Polacy zyskali mandaty w Radzie Miasta. Przed wybuchem I wojny światowej 55-60% mieszkańców Torunia stanowili Niemcy (większość z tych Niemców napłynęła do miasta podczas zaborów Polski lub ich przodkowie), 38-43% Polacy, 2% Żydzi. Powiat toruński należący do Rzeszy Niemieckiej (zaboru niemieckiego) był zamieszkały w ponad 70% przez Polaków.
Przedstawienie Torunia w 1897 i jego zdjęcie z 1900 roku.